Cốt truyện

Desmond Miles, một nhân viên quán rượu, bị bắt cóc bởi công ty y dược Abstergo Industries. Desmond bị ép phải sử dụng Animus, một thiết bị cho phép tái hiện ký ức di truyền từ tổ tiên người dùng. Trong trường hợp của Desmond, họ tìm kiếm thông tin về tổ tiên của anh là Altaïr Ibn-La'Ahad, một Sát thủ trong thời kì cuộc Thập tự chinh thứ ba. Ký ức của Altaïr cho thấy khi ông đang ngăn chặn Rober de Sablé đánh cắp Hòm Giao ước từ một ngôi đền, ông đã vô tình vi phạm ba tôn chỉ của hội Huynh đệ Sát thủ (không làm hại dân lành; hoạt động cẩn trọng, kín đáo và không làm hại huynh đệ) Chính vì thế, lãnh đạo của hội Sát thủ là Al Mualim đã giáng chức của Altaïr xuống Người mới vào (Novice) và giao cho ông nhiệm vụ để chuộc lỗi, đó là hành thích chín Hiệp sĩ dòng Đền: Tamir, một kẻ làm ăn ở chợ đen; Talal, một tay buôn nô lệ; bác sĩ Garnier de Nablus; Abu'l Nuquod, một thương nhân giàu có; Hầu tước William V của Montferrat, đứng đầu thành Acre; Mald Addin (dựa trên nhân vật Baha ad-Din ibn Shaddad), đứng đầu thành Jerusalem; Jubair al Hakim (dựa trên nhân vật Ibn Jubayr), đứng đầu thành Damascus; Sibrand và Robert de Sablé.

Trong khi tiến hành các vụ hành thích, Altaïr phát hiện ra mỗi mục tiêu đều đang tìm kiếm vị trí của "Pieces of Eden" (các Mảnh ghép Địa đàng), những cổ vật tương tự cái de Sablé đánh cắp. Sau một hồi đụng độ kịch liệt với de Sablé, Altaïr nhận ra đó thực chất là Maria, hầu gái của de Sablé giả dạng hắn. Tuy nhiên ông đã tha chết cho Maria. Sau đó ông xác định được vị trí của de Sablé và đối đầu hắn trước mặt vua Richard I, buộc tội de Sablé mưu phản. Vua Richard cho cả hai quyết đấu và để Chúa quyết định xem ai là người nói thật. Altaïr đánh bại de Sablé và trong lúc hấp hối, hắn thừa nhận sự tồn tại của Hiệp sĩ dòng Đền thứ mười, đó chính là Al Mualim. Ông ta mượn tay Altaïr hạ sát chín người còn lại nhằm độc chiếm Mảnh ghép Địa đàng.

Trở lại thành trì của hội Sát thủ, Altaïr thấy Al Mualim đang sử dụng Apple of Eden (Quả táo Địa đàng), một trong các Mảnh ghép để điều khiển trí óc dân chúng. Altaïr cùng với các sát thủ trung thành khác buộc phải chiến đấu với dân thường và các sát thủ bị Al Mualim kiểm soát để lao vào cuộc chiến với ông ta. Altaïr vượt qua được những cám dỗ từ Quả táo, giết chết Al Mualim. Altaïr ngạc nhiên khi nhìn thấy Quả táo đang hiển thị một bản đồ ba chiều cho thấy địa điểm của các cổ vật tương tự được chôn giấu khắp thế giới

Tại thời điểm này, Desmond bị mang ra khỏi Animus để thủ tiêu. Anh biết được rằng Abstergo chính là tổ chức Hiệp sĩ dòng Đền thời hiện đại. Họ định sử dụng bàn đồ ba chiều mà Altaïr tìm thấy nhằm thu thập tất cả các Mảnh ghép Địa đàng, sử dụng cho việc giải quyết vấn đề dân số thế giới trước thảm hoạ 2012. Desmond được cứu bởi Lucy Stillman, một nữ sát thủ núp dưới vỏ bọc nhà khoa học của Abstergo. Ở một mình trong phòng, Desmond sử dụng Eagle vision (nhãn quan Đại bàng) - một khả năng đặc biệt được tổ tiên di truyền thông qua Bleeding Effect (Hiệu ứng Chảy máu) lúc dùng Animus - để đọc những tin nhắn viết bằng máu trên tường và sàn nhà bởi đối tượng thí nghiệm trước, Subject 16 (Đối tượng 16) cảnh báo về ngày tận thế.